Nhiệm kỳ thứ nhất

Năm 1800, các đảng viên đảng Dân chủ-Cộng hòa lại chỉ định Thomas Jefferson làm ứng viên Tổng thống và Thượng Nghị sĩ Aaron Burr của tiểu bang New York làm ứng viên Phó Tổng thống. Đảng Liên bang tái đề cử Tổng thống John Adams và chọn nhà ngoại giao Charles C. Pinckney của tiểu bang South Carolina làm ứng viên phó tổng thống.

Tới kỳ kiểm phiếu, ông Jefferson giành được 73 phiếu cử tri so với 65 phiếu của ông Adams. Những người thuộc đảng Dân Chủ-Cộng Hòa đã ăn mừng nhưng rồi họ lại sớm thất vọng khi biết tin mỗi cử tri Dân Chủ-Cộng Hòa đã bỏ một phiếu cho ông Jefferson và một phiếu cho ông Burr, như vậy hai ông này đã bằng phiếu nhau dù rằng ý định của cử tri đoàn là bầu ông Jefferson làm Tổng thống. Tới lúc này, Hạ viện Hoa Kỳ phải đứng ra dàn xếp.[42] Viện này lại gồm phần lớn những người thuộc đảng Liên Bang, họ ưa thích ông Burr hơn bởi vì họ cho rằng ông Burr dễ điều khiển hơn ông Jefferson. Nhưng ông Hamilton lại bất tín nhiệm ông Burr hơn là ông Jefferson, nên dùng ảnh hưởng khiến cho đa số đảng viên Liên Bang ủng hộ ông Jefferson. Cuộc bỏ phiếu cuối cùng diễn ra vào ngày 17 tháng 2 năm 1801, đã khiến ông Burr trở thành Phó tổng thống. Về sau, đã có một tu chính án theo đó mọi cử tri trong cử tri đoàn phải bỏ một phiếu cho chức vụ tổng thống và một phiếu khác cho chức vụ Phó tổng thống.[43][44]

Thomas Jefferson là vị Tổng thống Hoa Kỳ đầu tiên được bầu trong cuộc tranh cử lưỡng đảng, vị đầu tiên tuyên thệ nhậm chức tại Washington, D.C. và làm việc tại Tòa Bạch Ốc. Trong bài diễn văn nhậm chức, ông Jefferson đã nói năng ôn hòa hơn lúc tranh cử. Ông tuyên bố rằng: "Mọi khác biệt về ý kiến không phải là sự khác biệt về nguyên tắc" và sau một thời gian ngắn, những người thuộc đảng Dân Chủ-Cộng Hòa đã phải chấp nhận nhiều ý tưởng của các đảng viên Liên Bang.[44]

Trong thời gian làm Tổng thống, ông Thomas Jefferson đã duyệt xét lại rất nhiều đạo luật, công bố nhiều tu chính án. Ông Jefferson cũng tìm cách kiểm soát Tối cao Pháp Viện nhưng không thành công, trong khi đó Pháp viện Tối cao lại có thể tuyên bố một đạo luật đã được thông qua bởi Quốc hội là vi hiến, điều này đã làm cho ngành Tư Pháp có thêm quyền hành, rồi các vụ truy tố quan tòa đã khiến cho về sau có quy định rằng các thay đổi chính trị sẽ không ảnh hưởng tới nhiệm kỳ của các vị thẩm phán.[45]

Nội các

Tối cao Pháp viện

Jefferson đã bổ nhiệm những thẩm phán sau vào Tòa án Tối cao:

• William Johnson (1804)
• Henry Brockholst Livingston (1807)
• Thomas Todd (1807)

Tiểu bang được thu nhận vào Liên bang

• Ohio (1803)

Chiến tranh với cướp biển Bắc Phi

Vào cuối thể kỷ 18, bọn cướp biển Barbary thuộc miền Bắc Phi thường hay tấn công các tàu buôn của nhiều quốc gia, đòi tiền chuộc hay tiền đóng góp. Trong vòng 10 năm, Hoa Kỳ đã phải nạp triều cống cho xứ Tripoli tới 2 triệu $. Sự kiện này đã khiến Thomas Jefferson luôn nhắc nhở Chính phủ Hoa Kỳ phải có các hành động trừng phạt các quân cướp biển. Năm 1801, Tripoli đánh phá các tàu buôn Hoa Kỳ để đòi thêm tiền. Hạm đội của Hoa Kỳ vào thời đó còn nhỏ và yếu, nhưng đã vây hãm các hải cảng của Tripoli, oanh tạc các pháo đài và bắt buộc các bọn cướp biển phải kính nể các tàu thuyền mang lá cờ Mỹ. Đây là cuộc chiến tranh đầu tiên của quốc gia Hoa Kỳ với một nước khác, tuy chưa mang lại các thắng lợi cụ thể vào thời gian đó, nhưng đã khiến cho uy tín của Hải quân Hoa Kỳ được tăng thêm.

Nhiệm kỳ thứ hai

Năm 1804 có cuộc bầu cử Tổng thống. Đất nước thịnh vượng đã là một lý do để Thomas Jefferson được dễ dàng đề cử và đảng Dân Chủ – Cộng Hòa đã chọn ông Thống Đốc tiểu bang New York là ông George Clinton làm ứng viên Phó tổng thống. Vào lúc này, một nhóm các đảng viên Liên Bang thuộc miền đông bắc đã e ngại việc mở rộng đất nước sẽ làm yếu đi vị trí và ảnh hưởng của miền Tân Anh Cát Lợi. Họ muốn bầu ông Aaron Burr làm Thống Đốc New York để Burr mang tiểu bang New York cùng với vùng Tân Anh Cát Lợi tách ra khỏi Liên bang Hoa Kỳ. Alexander Hamilton là người đã làm thất bại âm mưu này.[46][47]

Trong cuộc bầu cử Tổng thống năm 1804, đảng Liên Bang đã thất bại. Ông Thomas Jefferson đoạt được 162 phiếu cử tri, so với 14 phiếu dành cho ứng viên đảng Liên Bang là ông Charles C. Pinckney, một luật sư từ miền Charleston, South Carolina. Như vậy nhiệm kỳ Tổng thống thứ hai của ông Thomas Jefferson đã bắt đầu mà "không có một cụm mây đen nào ở chân trời", theo như lời ông Jefferson nói, thế nhưng bão táp đã kéo đến.[48]

Tháng 3 năm 1803 nổ ra cuộc chiến tranh giữa hai nước Anh và Pháp.[49] Tổng thống Jefferson nhận thấy rằng nhiệm vụ chính của ông là giữ cho Hoa Kỳ ở ngoài cuộc chiến. Vào thời đó, hải quân Anh và Pháp tìm cách đánh phá các tàu biển của nhau, kết quả là phần lớn công cuộc thương mại giữa châu Âu và miền Tây Ấn lọt vào tay các nhà buôn Hoa Kỳ. Tại Hoa Kỳ, hai ngành thương mại và đóng tàu phát triển rất nhanh, cần đến hàng ngàn thủy thủ, những người này phần lớn tới từ miền Tân Anh Cát Lợi song cũng có nhiều kẻ đào ngũ từ các tàu thuyền của nước Anh. Cũng vào thời gian này, nước Anh cần tới nhiều thủy thủ nên các tàu biển của Anh thường chặn bắt các tàu biển Hoa Kỳ trên biển cả để tìm xét các thủy thủ Anh đào ngũ. Nhưng làm sao phân biệt dễ dàng giữa một người Anh và một người Mỹ, vì vậy hàng ngàn người Mỹ đã bị bắt và bị cưỡng bách đưa vào Hải quân Hoàng gia.[50]

Cuộc chiến tranh tại châu Âu giữa nước Anh và nước Pháp càng gia tăng cường độ, càng khiến cho cả hai phe lâm chiến không quan tâm đến quyền lợi của các quốc gia trung lập. Bằng đạo luật Berlin và Milan năm 1806 và 1807,[51][52] Napoléon công bố rằng nước Pháp sẽ bắt giữ tất cả các tàu thuyền hướng về hay từ các hải cảng của nước Anh, trong khi đó chính phủ Anh ra lệnh phong tỏa các hải cảng của Pháp và của các nước đồng minh với Pháp.[53]

Tháng 6 năm 1807, chiếc tàu HMS Leopard của Anh đã chặn con tàu Hoa Kỳ tên là USS Chesapeake, đòi tìm xét các lính đào ngũ. Thuyền trưởng của tàu Mỹ đã không tuân lệnh nên HMS Leopard đã tấn công tàu Mỹ.[54]

Tổng thống Thomas Jefferson lúc đó biết rằng Hoa Kỳ chưa được chuẩn bị về chiến tranh và không rõ nên thiên về nước Anh hay nước Pháp. Cách đối phó của ông Jefferson là đóng cửa thị trường Mỹ đối với hàng hóa của cả hai nước và cũng không bán tiếp liệu của Hoa Kỳ cho hai nước Anh và Pháp đó.[55][56] Nhăm 1805, Napoléon Bonaparte đánh bại liên minh thứ ba trong trận Austerlitz, người Mỹ mong muốn ủng hộ Pháp nhưng đều không thành công.[57] Năm 1807, đạo luật "Cấm Vận" đã cấm chỉ việc xuất cảng từ Hoa Kỳ và ngăn cản các con tàu biển Mỹ đi vào các hải cảng ngoại quốc. Lệnh cấm vận đã làm thiệt hại Hoa Kỳ hơn là gây tổn thất cho hai nước Anh và Pháp. Hàng ngàn con tàu biển của Mỹ nằm bất động, thủy thủ và công nhân đóng tàu thất nghiệp, hàng xuất cảng chất đống trong các nhà kho. Kinh tế của miền nam Hoa Kỳ cũng bị thiệt hại khiến cho ông Jefferson bị mất đi các sức ủng hộ. Vào thời kỳ này, nhiều người Mỹ đã không tôn trọng pháp luật, nạn buôn lậu phát triển. Chính phủ Hoa Kỳ vì thế phải tăng cường việc phòng thủ bờ biển.[58][59]

Trước sự việc nan giải này, Tổng thống Thomas Jefferson càng ngày càng phải thiên về việc kiểm soát của Liên Bang và ông đã bình luận rằng:[60]

Vào năm 1808, nhiều người mong đợi ông ra tranh cử một lần nữa nhưng ông đã từ chối, vì muốn theo gương của George Washington là rút lui sau hai nhiệm kỳ. Thomas Jefferson cũng nói rõ cho mọi người biết là ông ước mong James Madison sẽ là vị Tổng thống kế tiếp. Và trên thực tế thì Madison cũng đã thắng cử dễ dàng.[61][62]